No se comprende el nombre de Alcázar de San Juan sin la visita a los restos de su alcazaba árabe, y especialmente al Torreón del Gran Prior. El Cubillo pudo ser una parte de la muralla que rodeaba el antiguo palacio.
El conjunto está formado por el Torreón del Gran Prior, del siglo XIII, una torre almohade perteneciente a la antigua alcazaba que da nombre a la ciudad. La segunda parte destacada es la capilla de Palacio, situada frente al torreón-antigua capilla de San Juan Bautista- ha servido de cárcel, cementerio, museo y capilla. La última parte destacable de este conjunto es el Cubillo, la muralla que cercaba el palacio.
El alcázar musulmán con su mezquita y dependencias interiores fue reconquistado en el siglo XIII. La Torre la construyó entre 1235 y 1237 el comendador de la Orden de San Juan, Frey Fernández Pérez Mosego. Aún podemos ver la inscripción conmemorativa en la fachada. En otra fachada, la de la Plaza de Palacio, explica que en 1618 se añadió el piso con ventanas de piedra, rematado con bóvedas de crucería de yeso.
Se piensa que El Cubillo pudo ser parte de un resto de la antigua fortaleza árabe que encontraron a su llegada los Caballeros de la Orden de San Juan, construida sobre restos íberos y romanos.
Actualmente las dos hipótesis que se encuentran sobre la mesa pivotan entorno a la existencia previa y, por otro lado, que se tratara de restos del antiguo palacio. Con su restauración, el Cubillo pasó a acoger una pila bautismal, así como varios paneles explicativos describen la historia de Alcázar de San Juan y su tradición cervantina.
Su interior, construido con sillares, es de planta cuadrada, conservando parte de la bóveda de crucería. En las cantigas de Alfonso X El Sabio se recoge un episodio que tuvo lugar en él, según el cual la Virgen se le apareció a una devota mujer que vivía en Alcázar y que acudía todos los sábados a rezar a una iglesia fuera de la ciudad. Un día, al volver de la iglesia y encontrar las puertas de la ciudad cerradas, comenzó a orar, abriéndosele estas milagrosamente.
Dentro del torreón podemos encontrar una exposición sobre los estudios que afirman que Alcázar de San Juan fue el verdadero lugar de nacimiento de Miguel de Cervantes Saavedra, autor de EL Quijote