Es una más que interesante iglesia que formó parte del primer convento de franciscanos. Conserva signos de una dilatada construcción, ya que es de trazas góticas de transición y posee elementos decorativos renacentistas como la portada y los capiteles platerescos. Además, destaca el coro formado por un arco escarzano en piedra, e incluso la gran torre tiene una altura considerable. Fue declarada Bien de Interés Cultural en enero de 1991.
La fundación de la iglesia y el convento de San Francisco fue iniciativa de D. Diego de Toledo, hijo del Duque de Alba D. Fadrique Álvarez de Toledo, y sobrino del Rey Fernando el Católico. El motivo fue la confirmación de la posesión del Priorato de León de la Orden de San Juan.
La construcción pasaría a ser denominada Universidad de Alcázar o de San Francisco, ya que con los años acogería dos cátedras nacidas en 1619: la de Gramática y la de Artes, adaptándose también las cátedras de Teología, Filosofía y Teología Moral. El paso del tiempo llevaría a la iglesia de San Francisco a jugar el papel de templo, hospital, cuartel, centro de la Academia Cervantes, internado y capilla.
La portada de la iglesia se hizo en la última restauración de la iglesia en los años 1980. Presenta características renacentistas y está edificada con piedra de sillería. En la parte inferior se halla el acceso al templo, con arco de medio punto, flanqueado por dos pilastras acanaladas: con decoración vegetal, y en la clave puede verse un angelito alado. Junto a ésta se encuentra la torre con campanario de planta cuadrada y de cuatro cuerpos.
La iglesia, de estilo renacentista, es de planta basilical con naves laterales de menor altura y contrafuertes en el exterior. La nave principal, cubierta con bóvedas estrelladas, está dividida en cinco tramos, con presbiterio, crucero, dos tramos a los que se abren capillas laterales y coro alto soportado por un arco escarzano. Por último, el tejado es de teja curva.