Como se decía anteriormente, es un ejemplo de iglesia columnaria en la que se mezclan con gran perfección las trazas góticas y el nuevo estilo renacentista. Es un espacio distribuido en tres naves de tres alturas. Poco a poco, durante los siglos XVII y XVIII, se le añaden varias capillas, el enlosado, los canceles con tallas de la efigie y escudos familiares del príncipe Enmanuel Filiberto de Saboya, que fue Prior de la Orden de San Juan.
Asimismo, destaca en la capilla de la Virgen de la Caridad el cuadro exvoto de Rodrigo de Pacheco, fechado en 1601. Por otra parte, a los pies de la iglesia, impresionan las trazas de las bóvedas al aire sin terminar. En este aspecto, lo que se dice es que la Orden de San Juan no tuvo más fondos para finalizar la construcción. En cualquier caso, este “descubierto” es un espacio ideal para conocer de primera mano las formas constructivas de lejanos tiempos.