El museo se encuentra en una casa solariega que data de finales del siglo XVII, en pleno casco histórico, conocida como la Casa de Malpica, que fue reformada en el último tercio del siglo XIX. Los visitantes podrán admirar la cultura del queso manchego, famoso en toda la Península, recorriendo la historia de la ganadería o la elaboración del propio producto.
La exposición principal está dividida en varias salas: la primera, la sala Manzanares, tierra de pastores, remarca la importancia histórica de Manzanares como encrucijada de caminos y vías pecuarias por las que la oveja merina, fuente económica de la antigüedad rural, era transportada; otras salas explican las características del producto local, la oveja manchega, posterior pero igualmente relevante; y finalmente, la sala Pasado, presente y futuro expone el proceso de elaboración del queso, incluyendo la obtención de la materia prima.
Como la casa solariega está compuesta de una bodega, el museo la aprovecha para que los visitantes degusten el producto en una Sala de Catas, donde se enseña a identificar correctamente el Queso Manchego. La planta baja guarda una serie de cuadros y obras que recuerdan el protagonismo que se ha dado al queso en el Arte.
